重庆水务集团的前身为重庆市水务控股（集团）有限公司，成立于2001年1月11日，系由重庆市人民政府以其全资持有的国有企业重庆市自来水公司、重庆市排水有限公司、重庆市公用事业基建工程处、重庆公用事业工程建设承包公司、重庆公用事业投资开发公司等国有企业的权益出资设立的国有独资有限责任公司。

2007年6月，重庆市国资委通过国有股权划转，将重庆市水务控股（集团）有限公司由国有独资有限责任公司变更为两名股东的国有控股有限责任公司。于本公司设立前，重庆市水务控股（集团）有限公司的股东分别为：（1）重庆市水务资产经营有限公司，持股比例为85%；（2）重庆苏渝实业发展有限公司，持股比例为15%。2007年8月，重庆市水务控股（集团）有限公司股东会通过决议，同意以2007年6月30日经审计的净资产账面值595,178.12万元折为股本430,000万股，整体变更为重庆水务集团股份有限公司，净资产账面值超过认缴的注册资本金额的部分165,178.12万元计入公司资本公积金。其中，水务资产经营公司持有365,500万股，占股本总额的85%；苏渝公司持有64,500万股，占股本总额的15%。